وتقع عند مدخل الدّير، وإلى الجهة اليمنى، الكنيسة التي بوشر بنيانـها عام 1840، وقد شيّدت على اسم القدّيس مارون.

من المتحف يمكن الدخول إلى حيث يستحوذ الزائر على زيت مبارك وبخور من قرب ضريح القديس شربل. كان هذا الزيت مصدر نعم كثيرة لأنّه تعبير عن الايمان بقدرة الله الشافية عبر شفاعة القديس شربل.

إلى جانب المتحف يقع ضريح القدّيس في بناء عقد جميل جداً تحوَّل إلى كنيسة حاليًّا، كنيسة الضريح، وتسمّى بكنيسة القبر. ونقل جثمان القدّيس من المقبرة العمومية الواقعة وراء الساحة، إلى نعوش متعدّدة الأشكال والأحجام، وأجريت على جثمانه فحوص عديدة للوقوف على أسباب ظاهرة رشح العرق والدم منه. وفي السابع من آب عام 1952 وُضع  الجثمان في القبر الحالي، وتمّ تركيب بوابة حديديّة مع لوحٍ زجاجيّ يفصل بين الزوّار والتابوت المثبّت على قاعدة من خشب الأرز، مركّزة بدورها على قاعدة من رخامٍ إيطالي.
ويقف أو يركع المؤمنون امام الضريح، يناجون الرّب يسوع ويتشفّعون القدّيس شربل. ويحكي كلّ زائر ما لا يحكيه في أي مكان آخر، لأنّ القدّيس شربل بات الصديق الاكثر قربا من الانسان، والشفيع القدير لدى الله المحبّ القدير.

 بعد إعلان مار شربل طوباويًّا في 5 كانون الاول 1965، ومع تزايد عدد المؤمنين المتهافتين إلى عنّايا، باشر الدّير ببناء كنيسة على اسم مار شربل، تتسع للجموع الغفيرة. فتمّ بناء الكنيسة غربي الدّير.
ألكنيسة دائرية الشكل، يقع المذبح في وسطها علامة لتجدّد العالم بشكل دائم، بحيث يستقبل قرابين المصلّين الذين يأتون من جهاتٍ مختلفة ليلتقوا معًا بالمسيح الحيّ الذي يجدّدهم ويحوّل عطاياهم الزائلة إلى حياة أبدية. تعلو المداخل زجاجيّات ملوّنة، تروي أحداثًا ومراحل من حياة القدّيس شربل، نفذها الفنان صليبا الدويهي، وأعاد ترميمها الأب عبدو بدوي.

وتقوم بين الدّير والمحبسة طريق القدّيسين، وهي، إن سُلِكَت، أعطت الراحة الجسدية والنفسية والروحية. لقد حبا الله الطبيعة في هذه المنطقة بجمال خلاّب.